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Traitement d'Images en Imagerie Biologique

Nous vous rappelons que, afin de garantir l'accès de tous les inscrits aux salles de réunion, l'inscription aux réunions est gratuite mais obligatoire.

Inscriptions closes à cette réunion.

Inscriptions

8 personnes membres du GdR ISIS, et 0 personnes non membres du GdR, sont inscrits à cette réunion.
Capacité de la salle : 50 personnes.

Instructions pour une demande de mission par le GdR ISIS

Le GdR ISIS prend en charge les déplacements des organisateurs des réunions et des orateurs. Le GdR prend aussi en charge les déplacements des participants aux réunions membres d'un laboratoire adhérent du GdR dans la limite d'un doctorant et d'un permanent par laboratoire académique et par réunion, ou d'une personne par adhérent du club des partenaires et par réunion.

La plus grande partie du budget du GdR ISIS est consacrée à la prise en charge de ces missions. Pour que le GdR puisse financer le plus grand nombre de réunions, les participants à ces réunions sont vivement incités à choisir les billets les moins chers. Seuls les billets de train ou d'avion en deuxième classe, non échangeables et non remboursables sont pris en charge. Le GdR se réserve le droit de refuser une demande de billet dont le prix excède la moyenne des prix couramment pratiqués pour le trajet de la mission.

Pour le transport et pour l'hébergement, vous êtes priés d'utiliser le portail SIMBAD du CNRS si vous en avez la possibilité. Cela est en particulier obligatoire si vous êtes membre d'une unité CNRS (UPR, UMR, UMI, URA, FRE). Les réservations d'hôtel sont possibles si la réunion dure plus d'une journée ou si le lieu d'habitation le justifie. Dans le cas où le laboratoire n'est pas une unité CNRS, merci d'envoyer votre demande de prise en charge de la mission à l'adresse DR01.SoutienUnites@cnrs.fr en précisant que la mission relève du GdR ISIS. Si vous utilisez votre véhicule personnel pour une distance supérieure à 300 kilomètres (aller+retour), le GdR ISIS ne rembourse pas vos frais de transport.

Les demandes de mission et les réservations sur le site SIMBAD doivent impérativement être effectuées au moins deux semaines avant la date de la mission.

Aucun remboursement de frais de transport ou d'hôtel avancés par l'agent ne peut plus être effectué au retour de la mission.

Annonce

Journée conjointe GDR ISIS et GDR Microscopie fonctionnelle du vivant:

La microscopie photonique connaît un développement sans précédent ces dernières années, révolutionnant les sciences fondamentales et appliquées de la biologie cellulaire et moléculaire. En raison des progrès constants des capteurs, des composants optiques, des sondes/fluochromes, des moyens de calcul, ... Ces développements suscitent un intérêt croissant depuis quelques années en traitement et analyse d'images. Pour autant, l'analyse de ces images multidimensionnelles, au sens large (spatiales, spatio-temporelles, multispectrales), reste une thématique très nouvelle pour la communauté du traitement du signal et de l'image. En particulier, la nouvelle génération de microscopie photonique (FRAP, FLIM, FRET, TIRF, SIM, PAL, STORM, STED, SPIM ...) trouve des applications dans de nombreux domaines des sciences du vivant mais des adaptations et des développements nouveaux pour restaurer, extraire et structurer les informations pertinentes dans des contextes bruités en raison de la sensibilité de ces nouveaux capteurs, sont nécessaires.

Cette journée est destinée à la fois aux membres de la communauté des chercheurs et ingénieurs du GdR ISIS et du GdR 2588 - Microscopie Fonctionnelle du Vivant. Il s'agira de faire le point sur les verrous théoriques et technologiques en traitement d'images sur cette thématique. Cette journée sera donc l'occasion de présenter des développements méthodologiques innovants et récents, permettant de faire émerger des thèmes particulièrement actifs pour les deux communautés.

Exposés invités:

- Herve Rigneault, Institut Fresnel, Marseille. Titre:  Les outils optiques de la Biophotonique

- Jerome Boulanger, UMR 144 CNRS - Institut Curie, Paris. Titre: Quelques outils pour l'étude de l'adressage, l'arrimage de la fusion de vésicules à la membrane plasmique 

- Bernard Chalmond, ETIS, Université de Cergy. Titre: Reconstruction 3D d'une cellule vivante à partir d'une séquence de coupes non recalées

 

Appel à contributions :

Le reste des présentations est fait par appel à contibutions : Merci d'envoyer votre proposition sous forme d’un résumé (une page maximum au format Word ou pdf) au plus tard le vendredi 10 novembre 2011 aux organisateurs dela journée :

Nous sollicitons des propositions de communications de nature théorique et applicative, provenant des milieux académiques et industriels, dans les deux GDR, ISIS et Microscopie Fonctionnelle du Vivant, sur les thèmes suivants :

Une seconde journée est organisée par le GIS EUROPIA (http://gis-europia.univ-rennes1.fr/) sur le même site le 24 novembre 2011. Elle est davantage consacrée aux techniques d'acquisition et aux développements méthodologiques pour résoudre des problématiques dans les domaines des sciences du vivant, de la physique, de la chimie et de l'environnement.


1/ Comment venir  ? 
IRISA / INRIA Rennes Bat 12 Campus de Beaulieu, 263 avenue du général Leclerc ,35043 Rennes

http://www.inria.fr/centre/rennes/presentation/infos-pratiques


    Pour rejoindre en bus le centre Inria de Rennes à partir de la gare:

    Informations ligne de bus:

GDR ISIS : htpp://gdr-isis.fr
GDR Microscopie fonctionnelle du vivant: http://www.gdr2588.cnrs.fr/

Programme

8h45 Exposé invité:   Herve Rigneault (Institut Fresnel, Marseille) /  Les outils optiques de la Biophotonique

9h30 Martinus H.V. Werts (ENS Cachan, Bruz) / analyse d'images pour la cartographie multicomposant de concentrations de molécules en système microfluidique

9h50 Simon Henrot (CRAN, Nancy)  / Déconvolution d’images hyperspectrales de fluorescence en microscopie confocale sous contrainte de positivité

Pause a 10h10 - 10h30

10h30 Exposé invité: Jerome Boulanger (UMR 144 CNRS - Institut Curie, Paris) / Quelques outils pour l'étude de l'adressage, l'arrimage de la fusion de vésicules à la membrane plasmique

11h15 Philippe Roudot (Inria Serpico, Rennes) / Etimation de temps de vie de molecules dynamiques en microscopie FLIM

11h35 Praveen Pankajakshan (Institut Pasteur, Paris) / Characterization and correction of field distortions in low NA fluorescence imaging

Dejeuner 12h00-13h45

13h45 Exposé invité: Bernard Chalmond (ETIS, Cergy) / Reconstruction 3D d'une cellule vivante à partir d'une séquence de coupes non recalées

14h30 Thomas Boudier (UPMC, Paris) / Analyse automatique d'éléments synaptiques sur des images de microscopie confocale

14h50 Alejandro Mottini (Inria Morpheme, Sophia) / Axon extraction from fluorescent confocal microscopy images

Pause a 15h10 - 15h30

15h30 Arnold Fertin (TIMC-IMAG, La Tronche) / Segmentation et analyse de réseaux vasculaires en imagerie intravitale


15h50 Charles Soussen (Université Nancy) / Analyse d'échantillons biologiques en microscopie AFM

16h10 Jacques Pecreaux (IGDR, Rennes) / Contours actifs biophysiques et ensembles de niveau pour la segmentation de tissus en microscopie champ-large

Cloture a 16h30

Résumés des contributions

Date : 2011-11-23

Lieu : Rennes, IRISA / INRIA Rennes Bretagne Atlantique


Thèmes scientifiques :
B - Image et Vision

Inscriptions closes à cette réunion.

Accéder au compte-rendu de cette réunion.

(c) GdR 720 ISIS - CNRS - 2011-2015.