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27 novembre 2017

Stage M2/Ingénieur: Etude d’un Système de Reconnaissance des Formes pour la Comparaison des Surfaces de Protéines


Catégorie : Stagiaire


Un stage M2/Ingénieur est disponible dans l'équipe du Prof. Matthieu Montes au laboratoire GBA du CNAM. Le sujet vise à comparer la topologie et les propriétés de surfaces de macromolécules biologiques. Le stage se propose, dans un premier temps, d’investiguer et d'évaluer des techniques recentes de reconnaissance de formes 3D dans le contexte des surfaces macromoleculaires. Dans un deuxieme temps, nous allons etudier differentes solutions possibles afin d’améliorer les performances des algorithmes existants en termes de precision et de rapidite.Le stage s'inscrit dans le cadre d’un projet de recherche financé par l’European Research Council (ERC Starting-Grant) ViDOCK (Visualization and Docking).

 

Etude d’un Système de Reconnaissance des Formes pour la Comparaison des Surfaces de Protéines

Mots clés : vision par ordinateur, reconnaissance des formes, traitement du signal et de l’image, recalage de données image et 3D.

Contexte

Le stage s'inscrit dans le cadre d’un projet de recherche financé par l’European Research Council (ERC Starting-Grant) ViDOCK (Visualization and Docking).

Les interactions entre protéines jouent un rôle crucial dans les processus biologiques. La comparaison de la topologie et des propriétés des surfaces de protéines est necessaire pour caractériser et à terme prédire les différentes interactions possibles.

La premiere partie du projet ViDOCK vise la mise en place de méthodes de reconnaissance des formes pour permettre de comparer la topologie de surface de protéines à très grande échelle. Les étapes nécessaires à la mise en œuvre d'un système de comparison des surfaces macromoleculaires sont: (i) la paramétrisation de la surface, l’extraction de descripteurs pertinents et (iii) le calcul de distance. Dans ce contexte, le projet ViDOCK vise dans un premier temps à la mise en œuvre de méthodes pour le calcul de similarite de surface macromoleculaire en presence de mouvements rigides et non rigides. Différents travaux sur ce sujet sont actuellement en cours au laboratoire [1],[2],[3].

Sujet de stage

Le stage se propose, dans un premier temps, d’investiguer et d'évaluer des techniques recentes de reconnaissance de formes 3D dans le contexte des surfaces macromoleculaires. Dans un deuxieme temps, nous allons etudier differentes solutions possibles afin d’améliorer les performances des algorithmes existants en termes de precision et de rapidite.

Durée du stage : 6 mois

Laboratoire d’accueil

Laboratoire Génomique, Bioinformatique et Applications EA4627, Conservatoire National des Arts et Métiers, 2 rue Conté, 75003 Paris

Rémunération : oui

Compétences souhaitées

Vision par ordinateur, traitement des données 3D, C++, Matlab.

Modalités de candidature

Envoyez votre candidature (un curriculum vitae et lettre de motivation) à Matthieu Montes (matthieu.montes@cnam.fr) et Daniela Craciun (daniela.craciun@cnam.fr) .

Références

[1] D. Craciun, G. Levieux, M. Montes. Shape Similarity System driven by Digital Elevation Models for Non-rigid Shape Retrieval. In Eurographics 3DOR Workshop, April 2017.

[2]Na Song, D. Craciun, C. Christoffer, G. Levieux, M. Montes et al. Protein Shape Retrieval. In Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval : SHREC , April 2017.

[3] D. Craciun et al. Global-to-local Shape Similarity System driven by Digital Elevation Models. In IEEE 2nd international conference on Bio-engineering Technologies for Smart Technologies, (BioSMART) 2017, August, 2017.

 

Dans cette rubrique

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