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16 octobre 2019

Stage M2 : Recalage de nuages de points 3D pour la comparaison de molécules pharmacologiques / 3D point set registration for comparing drug molecules


Catégorie : Stagiaire


Ce stage de R&D s'intègre dans le projet collaboratif SENSAAS entre l’IPMC et l’I3S financé par l'Académie 4 « Complexité et diversité du vivant » de l'Université Côte d'Azur. Le but est de développer une méthode originale de recherche de similarité moléculaire 3D, en s'inspirant des techniques de recalage de nuages de points 3D issues de l'informatique graphique ou de la vision par ordinateur.

 

La similarité moléculaire est une mesure de ressemblance entre deux molécules très répandue dans le domaine de la pharmacologie et de la modélisation moléculaire. Lorsqu’elle est prédite, la ressemblance peut être calculée à partir d’une représentation simplifiée en 1D, 2D ou 3D des molécules.

La représentation 3D des molécules a un avantage : une similarité géométrique 3D entre deux molécules peut garantir des effets similaires d'un point de vue médical, même si les molécules concernées ont une représentation 2D très différente.
Sujet du stage
Ce stage de R&D s'intègre dans le projet collaboratif SENSAAS entre l’IPMC et l’I3S financé par l'Académie 4 « Complexité et diversité du vivant » de l'Université Côte d'Azur. Le but est de développer une méthode originale de recherche de similarité moléculaire 3D, en s'inspirant des techniques de recalage de nuages de points 3D issues de l'informatique graphique ou de la vision par ordinateur. Des travaux préliminaires encourageants [1] ont déjà été effectués sur ce sujet au sein de l'équipe.
L'objectif de ce stage sera de finaliser l'outil que l'on a commencé à développer, en y intégrant notamment de nouvelles fonctionnalités, mais aussi pour l'adapter à de nouvelles applications.

Ce stage se déroulera en parallèle d'un autre stage se déroulant à l'IPMC, partenaire du projet SENSAAS. L'étudiant recruté pour le stage décrit ci-dessus collaborera étroitement avec l'étudiant en stage à l'IPMC, dont le travail sera d'évaluer l'efficacité de l'outil développé sur des jeux tests et de mettre l'outil développé à la disposition de la communauté scientifique (interface web et/ou version utilisable dans Jupyter).
Lieu du stage : Laboratoire de recherche I3S (Université Cote d'Azur, CNRS)
Profil recherché
Etudiant de 5ème année ou master 2 ayant des compétences en programmation (notamment en python), traitement de la géométrie, informatique graphique.
Plus d'infos (en français et en anglais) : http://www.i3s.unice.fr/~fpayan/data/sujetStageI3S-2020-Sensaas-fr-an.pdf
CONTACT : Frédéric PAYAN < fpayan@i3s.unice.fr >
Bibliographie
[1] D. Douguet and F. Payan, "SENSAAS (SENsitive Surface As A Shape) : utilizing open-source algorithms for 3D point cloud alignment of molecules", working paper or preprint, Aug. 2019 (https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02263097)
 

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