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21 novembre 2019

(LIS Marseille) : Observation des déformations 3D d’organes à tissus mous par IRM ultra rapide


Catégorie : Stagiaire


Le stagiaire s’attachera au traitement des images IRM dynamiques acquises lors de l’observation de déformations des organes pelviens pour produire des reconstructions 3D des surfaces en mouvement.

 

Profil recherché :

Le candidat ou la candidate sera intéressé(e) par un projet pluridisciplinaire et par l’imagerie médicale. Les domaines abordés concernent la modélisation géométrique, la reconstruction 3D et la segmentation d’IRM. Des compétences en mathématiques appliquées seront particulièrement appréciées. Une expérience de la programmation avec l’environnement python est attendue. Le stage aura une durée de 4 à 6 mois avec la gratification d’usage.

 

Contexte de travail :
Le travail se déroulera à Marseille essentiellement au laboratoire d’informatique et des systèmes (LIS) dans l’équipe Image & Modèles. Le LIS UMR 7020 fédère plus de 375 membres. La recherche y est structurée au sein de pôles (calcul, science des données, analyse et contrôle des systèmes, signal et image), et centrée sur les activités dans les domaines de l’informatique, de l’automatique, du signal et de l’image. LE CRMBM UMR7339 est le centre marseillais spécialiste de l’IRM, il regroupe 80 chercheurs et est adossé au CEMEREM qui est la plateforme des imageurs à 1,5 T, 3T, et 7T entre autres.
 
Contact
marc-emmanuel.bellemare@lis-lab.fr

Sujet
Les troubles de la statique pelvienne regroupent un ensemble de pathologies associant une perte des rapports anatomiques normaux des organes pelviens, et une altération dramatique de la qualité de vie des malades. Ces troubles regroupent des pathologies handicapantes à des degrés variés mais leur physiopathologie reste encore mal connue ce qui complique leur prise en charge. De nouvelles séquences d’acquisition IRM, associées à une reconstruction adaptée, ont permis la visualisation 3D des organes en mouvement. Des résultats probants ont été récemment obtenus et publiés pour l’observation de la vessie (Figure) et il s’agit, dans le cadre du stage, de s’intéresser aux autres organes pelviens. Ce projet se développe en collaboration avec des chercheurs du laboratoire CRMBM, spécialistes de l’IRM qui proposent des séquences IRM ultra rapides adaptées à l’observation souhaitée. Il s’agit alors de proposer une stratégie qui optimise à la fois la séquence d’acquisition et les modèles géométriques des surfaces des organes observés. Ces modèles géométriques permettront alors une caractérisation quantitative des déformations. Les problématiques de recalage, de segmentation et de modèles 3D, au cœur du projet, seront abordées selon les compétences et préférences du stagiaire.

Laboratoire d’Informatique et Systèmes - LIS – UMR CNRS 7020 – Aix-Marseille Université Campus scientifique de St Jérôme – Av. Escadrille Normandie Niemen -13397 Marseille Cedex 20 Tél. : 33 (0)4 91 05 60 30 - www.lis-lab.fr

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