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27 novembre 2019

Stages M2 Strasbourg : Intégration de connaissances pour l'amélioration de la reconstruction 3D de protéines déformables


Catégorie : Stagiaire


L'objet de ces deux stages est de raffiner la reconstruction tomographique 3D d'une protéine déformable. C'est un problème inverse faisant intervenir de l'apprentissage profond, de la réduction de dimension et de la reconstruction tomographique

 

Depuis 2014, les progrès en cryo microscopie électronique à particule isolées (CMÉPI) sont importants au point que cette modalité est depuis 2019 la plus utilisée pour les dépôts de structures de protéines. La résolution atteinte permet d’identifier les structures fines de la protéine. Cependant dans le cas où il existe une déformation, la qualité de reconstruction par les logiciels actuels chute et les structures fines ne peuvent être identifiées, alors même que les parties mobiles jouent un rôle essentiel dans la fonction de la protéine du fait de leur mobilité.
Suite au projet JCJC Rhodes portant sur la reconstruction ab-initio en CMÉPI, nous souhaitons aborder ce problème de raffinement dans le cas déformable.
 
Pour cela, nous souhaitons
Les données (330k projections, reconstruction initial) sont déjà disponibles.
 
Nous contacter pour plus de renseignements.

Les profils EEA ne seront pas retenus et n’auront pas de réponse.
Laboratoire et équipe d’accueil
Équipe IMAGeS
ICube - Laboratoire des sciences de l’Ingénieur, de l’Informatique et de l’Imagerie
Parc d’Innovation, Boulevard Sébastien Brant, BP 10413,
67412 Illkirch Cedex (FRANCE)
Encadrement
Étienne BAUDRIER (baudrier@unistra.fr),bur.bur.C221,tel : 03 68 85 44 94, équipe IMAGeS
Gabriel FREY (g.frey@unistra.fr), C328, tel : 03 68 85 45 32, équipe SDC

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