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14 janvier 2020

Thèse CIFRE analyse d'images biologiques


Catégorie : Doctorant


Analyse automatisée d'images microscopiques (IMACTIV-3D et Pierre Weiss).

 

Un sujet détaillé est disponible ici. Nous proposons un stage suivi d'une thèse CIFRE. Un résumé succint est donné ci-dessous.

Les techniques de microscopie par fluorescence ont progressé de manière spectaculaire ces dernières années, permettant de voir des échantillons biologiques avec des résolutions spatio-temporelles jusqu'alors inaccessibles. De nouveaux dispositifs tels que le microscope à feuille de lumière ou SPIM (Selective Plane Illumination Microscope) permettent d'observer de grands champs de vue (de l'ordre du millimètre cube) avec une résolution pixellique inférieure au micromètre. Ces avancées spectaculaires s'accompagnent cependant de volumes de données gigantesques qu'il devient impossible de traiter manuellement.

L'objectif de ce stage et de la thèse qui suivra est de fournir de nouveaux outils d'analyse automatisée d'images spécifiquement dédiés à cette technologie et de les appliquer aux nombreux problèmes pratiques rencontrés par la société IMACTIV-3D . On pense notamment à l'analyse du réseau micro-vasculaire, à la caractérisation des jonctions neuro-musculaires, à la nécrose cellulaire in vivo ou à la caractérisation de micro-tumeurs in vitro.

 

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