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22 janvier 2020

Stage M2 : Classification d'images 3-D de la rétine par intelligence artificielle


Catégorie : Stagiaire


Le laboratoire LaTIM (UMR 1101 Inserm) de Brest propose un stage de niveau M2 pour étudier la classification d'images 3-D de la rétine par intelligence artificielle.

 

Contexte

Le diabète est une maladie chronique qui se caractérise par un excès de sucre dans le sang et qui affecte 422 millions de personnes dans le monde, dont 3,3 millions en France. Une des complications fréquentes du diabète est la rétinopathie diabétique (RD) : il s’agit de la première cause de cécité dans la population active des pays développés. Le dépistage de la RD s’appuie sur l’analyse de photographies 2-D de la rétine. Une fois la RD détectée chez un patient, l’évolution de cette pathologie est suivie plus finement à l’aide d’images 3-D de la rétine, obtenues par tomographie en cohérence optique (OCT), afin de planifier les traitements. Récemment, le Laboratoire de Traitement de l’Information Médicale (LaTIM) a développé, avec ses partenaires cliniques, une intelligence artificielle (IA) capable de classifier automatiquement les photographies 2-D : cette IA a été transférée à l’industrie (www.ophtai.com). L’objectif de ce stage est de développer une nouvelle IA capable de classifier automatiquement les images OCT 3-D.

Les travaux se dérouleront au sein du LaTIM, une Unité Mixte de Recherche (UMR 1101) de l’Inserm, de l’IMT Atlantique et de l’Université de Bretagne Occidentale, située sur le site Morvan du CHRU de Brest. La problématique du LaTIM concerne l’optimisation continue des actions thérapeutiques par intégration d’informations multimodales. Le stagiaire intégrera l’équipe IMAGINE du LaTIM, qui s’intéresse en particulier à l’orthopédie et l’ophtalmologie. Ses travaux s’intègreront dans le cadre du projet EVIRED (Evaluation Intelligente de la Rétinopathie Diabétique), un projet de Recherche Hospitalo-Universitaire (RHU) financé à hauteur de 9 millions d’euros et dont le but est de revoir la prise en charge des RD avec l’apport de nouvelles modalités d’imagerie et d’algorithmes d’IA.

Sujet de stage

L’objectif de ce travail est de développer une IA capable de classifier automatiquement des images OCT 3-D, dans le but de reproduire automatiquement le diagnostic médical. La méthode développée s’appuiera a priori sur des réseaux de neurones à convolutions 3-D. La librairie MedicalNet (http://github.com/Tencent/MedicalNet), permettant un apprentissage par transfert adapté aux images médicales 3-D, pourra servir de point de départ à l’étude. Les réseaux de neurones 3-D étudiés seront comparés à des réseaux de neurones 2-D, appliqués à des coupes 2-D dans le volume 3-D. Pour ce travail, l’étudiant pourra s’appuyer sur une grande base de données d’examens OCT de la rétine, ainsi que sur la ferme de calcul du LaTIM.

Compétences souhaitées

Encadrement

Détails pratiques

Dans cette rubrique

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