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Stage en intelligence artificielle pour l’analyse d’images biomédicales

23 Novembre 2021


Catégorie : Stagiaire


Intensive - INTElligences Numériques au Service de l’Ingénierie pour le Vivant à l‘Université de LimogEs
 
Forte d’une dynamique pluridisciplinaire, l’Université porte un hôtel à projet inter-institut sur l’Ingénierie du Vivant, afin d’intégrer une chaîne de valeur complète associant les aspects scientifiques et technologiques aux dimensions sociétales et juridiques.
Les enjeux actuels en Ingénierie pour le Vivant couvrent des champs disciplinaires très vastes qui visent notamment à :
 
1. Améliorer la prévention (i.e. diagnostique plus précoce, plus inclusif, multimodal),
2. Améliorer la qualité et la pérennité des soins (i.e. accompagnement du praticien, sélectivité et traçabilité des traitements),
3. Augmenter les performances des sujets (i.e. Homme augmenté).
 
Dans ce contexte, le projet Intensive a ciblé les domaines des imageries comme approche exploratoire incluant plusieurs modalités (imagerie spectrale multiphotonique, CARS, microscopie électronique...) associées aux données cliniques. L’ensemble de ces données seront analysées par des approches d’intelligence artificielle avec pour objectif d’isoler de nouvelles signatures spécifiques de pathologies et de développer un outil au service des praticiens, des patients et des chercheurs. Cette médecine qui sera demain davantage prédictive, personnalisée ou de précision, se doit d’être accompagnée sur le terrain juridique pour garantir le respect des droits fondamentaux de la personne.
Ce projet s’appuie sur un panel de compétences reconnues et complémentaires des instituts GEIST, IPAM, XLIM, IRSHS et IRGIO de l’Université de Limoges et va permettre le développement de nouveaux outils et de nouvelles compétences aux interfaces entre les instituts.
 
Dans le contexte du projet Intensive, les différentes modalités d’imagerie envisagées permettent de nourrir des algorithmes d’apprentissage avec de très grandes quantité de données et permettent la définition de riches signatures d’échantillons biologiques. Cette quantité très volumineuse de données pouvant être mise à la disposition de l’IA pose le problème, en application clinique, du choix des données à acquérir, puisque les acquisitions ont un coût non négligeable.
 

Mission

 
Nous nous intéresserons à déterminer les modalités d’imageries pertinentes pour des tâches de classification d’échantillons étiquetés, par exemple sains ou pathologiques. Des a priori pour faciliter cette classification pourront être fournis par les experts mais pourront également être inférés depuis les données, potentiellement très nombreuses.
Dans un second temps, nous chercherons explicitement à générer des signatures à partir des échantillons multimodaux. Ces signatures pourront servir à étudier la similitude entre un nouvel échantillon d’autres échantillons pré-intégrés dans le modèle.
 
Profil
 
Nous recrutons un stagiaire pour une durée de 6 à 8 mois. Compétences souhaitées :
 
- bonne maîtrise de la programmation Python et de la manipulation de données avec la bibliothèque Numpy
- intelligence artificielle
- connaissance de la langue anglaise
- les bases en traitement d’images seraient un plus
Début du stage
 
1er mars ou 1er avril 2022
 
Durée
 
6 à 8 mois
 
Candidature
 
CV + lettre de motivation à transmettre par email avant fin décembre à frederic.claux@unilim.fr
 
Informations générales sur le projet Intensive : https://www.unilim.fr/intensive