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STAGE M2 :Détection automatique des déformations cellulaires à partir d’image de microscope

6 December 2021


Catégorie : Stagiaire


Le projet Cellstress (Programme de maturation, PULSALYS) consiste à développer des outils d’acquisition et de traitement de données qui permettront de pouvoir classer de manière automatique des cellules en temps réel. Au sein de la plateforme 3d.FAB du laboratoire ICBMS (UMR 5246, http://www.icbms.fr/), votre mission consistera, I/ à développer un modèle d’apprentissage (Intelligence Artificielle) permettant de prédire et classer des cellules dans des séquences microscopiques en utilisant le calcul parallèle sur GPU, II/ à concevoir un système de pilotage basé sur une caméra rapide (FASTCAM), un microscope (ZEISS) et une pompes à seringue/système d'écoulement (Nemesys CETONI) en ajustant les réglages optiques nécessaires pour assurer un flux optimal d’acquisition.

 

Le projet Cellstress (Programme de maturation, PULSALYS) consiste à développer des outils d’acquisition et de traitement de données qui permettront de pouvoir classer de manière automatique des cellules en temps réel. Au sein de la plateforme 3d.FAB du laboratoire ICBMS (UMR 5246, http://www.icbms.fr/), votre mission consistera, I/ à développer un modèle d’apprentissage (Intelligence Artificielle) permettant de prédire et classer des cellules dans des séquences microscopiques en utilisant le calcul parallèle sur GPU, II/ à concevoir un système de pilotage basé sur une caméra rapide (FASTCAM), un microscope (ZEISS) et une pompes à seringue/système d'écoulement (Nemesys CETONI) en ajustant les réglages optiques nécessaires pour assurer un flux optimal d’acquisition.

La plateforme 3d.FAB (http://fabric-advanced-biology.univ-lyon1.fr/) est la seule « Plateforme Technologique Innovante » française certifiée ISO 13485, dédiée aux innovations académiques et privées à travers la 3D, la 4D et la bio-impression, dans le domaine des sciences de la vie et de la santé. La plateforme possède une expertise et des installations dans les domaines suivants :
- Biochimie, en particulier diagnostic avec prototypage 3D lab-on-chip, nouveaux matériaux pour dispositifs médicaux 3D, polymères biocompatibles et impression 3D à taille cellulaire.
- Médecine régénérative grâce à des imprimantes dédiées aux cellules vivantes et aux tissus.
- Simulation fluides à l'intérieur des tissus bio-imprimés.

- Bio-procédé pour la maturation et la vascularisation du tissu conjonctif.
Laboratoires de bio-fabrication de niveau 2 équipés de bio- imprimantes et de bioréacteurs de pointe.

MISSIONS:

Assurer une veille bibliographique,
Acquérir des données à partir d’une caméra rapide,
Modéliser un modèle d’apprentissage pour segmenter et classer les données,
Concevoir un système d’acquisition, de traitement et d’évaluation de données,
Implémenter le modèle d’apprentissage dans le système pilote,
Tester le modèle d’apprentissage,
Rédiger une documentation détaillée.


Profil recherché :
Formation ingénieur d’informatique (BAC+5). Connaissance en traitement de données, statistique, machine Learning, intelligence artificiel, calcul parallèle sur GPU, système embarqué, développement.
Logiciel. Langage : Python, C/C++,

Application envoyé à imen.halima@univ-lyon1.fr et mehdi.maleki@univ-lyon1.fr : CV + lettre de motivation/ candidature à envoyer avant 15 décembre 2021

Durée de projet 6 mois – premier semestre 2022 (entre janvier et août)