Annonce

Les commentaires sont clos.

Stage M2 ou PFE au LIS Marseille: Étude des déformations 2D d’organes à tissus mous à l’aide d’IRM.

12 December 2021


Catégorie : Stagiaire


Sujet.

Dans le cadre d’un projet de recherche concernant la modélisation de la dynamique des organes pelviens nous intéressons particulièrement à la déformation d’organes à tissus mous. Ce projet développé en collaboration avec des services de chirurgie du CHU La Timone (AP-HMarseille) vise à comprendre la physiopathologie des troubles de la statique pelvienne. Nous proposons une approche qui repose sur les résultats obtenus par la caractérisation de la dynamique des déformations des contours des principaux organes observés en 2D. Les principaux organes concernés par les pathologies sont observés par IRM dynamique 2D. Les déformations sont estimées à partir des contours extraits des images IRM de ces organes. Il s’agit alors de proposer une classification des déformations subies au cours du temps lors d’un « exercice de poussée » de sorte à pouvoir reproduire des déformations artificiellement dans les images.

Des algorithmes de réseaux profonds pourront être utilisés pour produire de nouvelles images

 

 

Contexte

Le stage se déroulera à Marseille dans les locaux du LIS à St Jérôme dans l’équipe Image & Modèles.

Le candidat ou la candidate de niveau Bac+5, formé(e) au traitement des images, sera intéressé(e) par un projet pluridisciplinaire et l’imagerie médicale. La programmation des algorithmes se fera avec le langage python. Des compétences en classification ou en mathématiques appliquées seront particulièrement appréciées.

Le stage aura une durée de 4 à 6 mois entre février 2022 et juillet 2022 et sera associé à la gratification d’usage, de l’ordre de 500€ par mois prise en charge par l’Institut Marseille Imaging d'AMU.

Les candidats sont invités à transmettre leurs candidatures par mél à marc-emmanuel.bellemare@lis-lab.fr . Le dossier de candidature comprendra un CV détaillé, une lettre de motivation pour le projet et les derniers relevés de notes.

Publications associées :

• M.-A. Hostin, A. C. Ogier, N. Pirró, M.-E. Bellemare. “Combining loss functions for deep learning bladder segmentation on dynamic MRI”. 2021 IEEE International Conference on Biomedical and Health Informatics (BHI), Jul 2021,

• M. Rahim, M.-E. Bellemare, R. Bulot, N. Pirró “A Diffeomorphic Mapping Based Characterization of Temporal Sequences : Application to the Pelvic Organ Dynamics Assessment”, in : Journal of Mathematical Imaging and Vision JMIV. Oct 2012, doi : 10.1007/s10851-012-0391-6.

• M.Rahim, M.-E.Bellemare, N.Pirró, R.Bulot,“A Quantitative Approach for the Assessment of the Pelvic Dynamics Modeling”, in : Ingénierie et Recherche Biomédicale IRBM, (2011), doi :10.1016/j.irbm.2011.09.003.