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Stage M2 IA: Apprentissage profond en imagerie IRM pour le cancer de la prostate

10 Janvier 2022


Catégorie : Stagiaire


Cartographie automatique du cancer de la prostate par l’apprentissage profond et l’imagerie IRM

Sujet

Dans le monde, le cancer de la prostate représente le 3ème cancer le plus fréquemment diagnostiqué en 2020 avec 1,41 millions de cas après le cancer du sein et celui du poumon. Le diagnostic de ce cancer reste un enjeu de santé publique majeur. L’imagerie IRM multiparamétriques tiens une place importante dans la détermination de la présence ou non de tumeurs cancéreuses. Cela est fait avec plus ou moins de précision en fonction de l’interprétation des images par le médecin. Ensuite ce premier diagnostic est confirmé et quantifié (grade du cancer) par la réalisation de biopsies, c’est-à-dire le prélèvement par ponction du tissue à différents endroits dans la prostate. Le choix des positions de chaque biopsie est très important afin de ne pas omettre des zones cancéreuses tout en évitant les biopsies inutiles. Aujourd’hui il n’existe aucun outil qui permette d’assister le médecin dans le choix des patients à biopsier ou non. De même à planifier de façon optimal les zones à biopsier.

Récemment, l’intelligence artificielle (IA), notamment avec l’apprentissage profond, a ouvert la voie à une réelle innovation et automatisation dans la prise en charge des patients dans le domaine de la santé. Ici l’IA permettrait de cartographier automatiquement les zones susceptibles d’être des tissus cancéreux et donc une meilleure prise de décision du Médecin ainsi qu’une meilleure définition des cibles à biopsier.

L’objectif du stage est, après une étude de l’état de l’art, de proposer une méthode d’apprentissage profond capable de cartographier automatiquement les tissus cancéreux à partir des images IRM multiparamétrique.

 

Contexte du stage

L’étudiant intégrera le groupe de recherche en Thérapie Guidée par l’Image de l’équipe ACTION (Therapeutic ACTion guided by multimodality Imaging in ONcology) au Laboratoire de Traitement de l’Information Médicale INSERM UMR1101 (LaTIM, Brest, France). Une base de données d’images existantes sera utilisée pour les travaux de ce stage. Le cluster de calcul PLACIS, installé dans nos locaux sera également utilisée pour les différentes phases d’apprentissage sur GPU. Les travaux s’inscrivent dans un contexte de recherche entre différents partenaires, cliniques et industriels.

Ce sujet de stage sera le point départ d’une thèse pour la rentrée prochaine, et peut être une opportunité pour le futur stagiaire. Cette thèse sera financée dans le cadre d’un projet en cours.

 

Compétences

Avoir un bon dossier académique, des compétences et/ou des connaissances en IA, notamment acquis pendant le cursus ou par un précédent stage.

 

Pour candidater et/ou avoir plus d’information sur le sujet, merci d’envoyer un CV au responsable de stage :

Julien Bert (julien.bert@univ-brest.fr).