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Post-doctorat 12 mois Institut Pascal / CREATIS

12 Avril 2022


Catégorie : Post-doctorant


Nous proposons un contrat de post-doctorat de 12 mois financé par le Labex PRIMES. Le sujet porte sur la segmentation 3D du ventricule gauche en ciné-IRM par apprentissage profond guidé par modèles géométriques paramétriques. Le post-doctorant sera encadré conjointement par Laurent Sarry (Institut Pascal, Clermont-Ferrand) et Patrick Clarysse (CREATIS, Lyon).

Détail de l'offre en téléchargement ici.

 

Unité : Institut Pascal UMR 6602 - UCA/CNRS

Directeur : Evelyne Gil

Encadrants : Laurent Sarry (Institut Pascal, PU UCA), Patrick Clarysse (CREATIS, DR CNRS)

Lieu d’accueil : axe TGI, équipe CaVITI, Faculté de Médecine, BP 38, 63001, Clermont-Ferrand

Contact : laurent.sarry@uca.fr, patrick.clarysse@creatis.insa-lyon.fr

Mission :

Le projet de post-doc concerne la mise au point d’outils de segmentation d’images de ciné IRM permettant de faciliter l’estimation de la fonction myocardique 3D. Le ciné IRM est devenu la modalité de référence en termes de précision et de reproductibilité pour l’estimation des caractéristiques anatomiques du myocarde (volume, masse, épaississement…), ainsi que pour la fonction globale (fraction d’éjection ventriculaire). Nous avons proposé dans le cadre du projet ANR 3DStrain (2011-2015) un nouveau formalisme variationnel d’estimation de la fonction régionale (strain), consistant à calculer un champ dense de déformation en chaque point du myocarde. Cette estimation reste cependant dépendante de la qualité de la segmentation des parois endocardique et épicardique que nous avions alors gérée grâce à des modèles déformables B-spline.

Les méthodes de segmentation sémantique par apprentissage profond ont depuis montré de très bonnes performances, que ce soit en 2D ou en 3D sur ce type de données. Nous l’avons confirmé récemment en entrainant des modèles de réseaux de neurones profonds U-Net 2D et 3D sur notre propre base de données de ciné IRM 3T dont environ 200 volumes endo et épicardiques du ventricule gauche (VG) ont été expertisés (ce qui correspond à plus de 2000 coupes).