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TDE/Master - Algorithmes de détection de peptides dans des signaux issus d’un spectrographe de masse

27 Octobre 2022


Catégorie : Stagiaire


Contexte du stage :

Qu'elles soient d'origine communautaire ou nosocomiale, les infections sanguines représentent au total près de 2 millions de cas en Europe et en Amérique du Nord et entraînent environ 200 000 à 350 000 décès par an (taux de létalité à court terme compris entre 13 et 20 %). Tout retard dans l'administration d'agents antimicrobiens actifs à des patients en choc septique est étroitement associé à une diminution de la survie (7,5 % de diminution par heure de retard). L’approche actuelle repose sur un échantillonnage déterministe d’une liste de peptides issus de l’hydrolyse enzymatique des protéines des pathogènes par une méthode de spectrométrie de masse ciblée couplée à un système de séparation. L’objectif est d’abaisser le taux d’erreur de 10-15% à moins de 1% afin que les personnels hospitaliers puissent à terme utiliser cette technologie en routine.

 

Objectif du stage :

Dans ce cadre, l’étudiant.e cherchera à évaluer de nouvelles méthodes d’analyse de signaux pour améliorer sensiblement la qualité de détection des peptides, à partir des 3 signaux générés par le spectromètre.

En fonction de l’excellence de la candidate ou du candidat, le stage pourra se poursuivre par une thèse, dans le cadre d’une collaboration entre les 2 laboratoires de recherche ISA et LIRIS. Le financement de thèse est déjà disponible.

Encadrants :

-Jérôme Lemoine (jerome.lemoine@univ-lyon1.fr), Université Claude Bernard Lyon 1, Institut des Sciences Analytiques (ISA, CNRS UMR 5280, https://isa-lyon.fr).

-Stéphane Derrode (stephane.derrode@ec-lyon.fr), École Centrale de Lyon, laboratoire LIRIS (CNRS UMR 5205, https://liris.cnrs.fr).

Compétences requises :

L’étudiant.e devra disposer de bonnes compétences dans les domaines duMachine Learninget du traitement du signal. Une certaine expérience de la programmation en langagePythonest également requise pour implémenter les solutions envisagées, les évaluer et les comparer sur le corpus de données.

Date butoir pour candidater : jeudi 1er décembre 2022

 

Informations pratiques :

-Lieu du stage : Laboratoire LIRIS - Ecole Centrale de Lyon (Ecully). Des déplacements au laboratoire ISA (site de La Doua) sont également prévus.

-Période de stage : à partir de Février 2023.

-Profil recherché : Master 2 ou diplôme d’ingénieur en Informatique, en Mathématiques Appliquées ou en Traitement du signal (Machine Learning, Data Sciences).

-Rémunéré́ : Oui

 

Pour candidater :

-Merci d’envoyer votre CV aux DEUX (2) encadrants (adresses mail ci-dessus).

-Date butoir pour candidater : jeudi 1er décembre 2022

-Les étudiants présélectionnés seront invités à un entretien, et classés selon leur ordre de mérite et leurs motivations pour le sujet.

-L’étudiant.e engagé.e sur le sujet devra suivre une procédure administrative pour intégrer le LIRIS.