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[M2/Ingénieur] Machine Learning pour la prédiction de maladies mentales

6 Janvier 2023


Catégorie : Stagiaire


Sujet : Il s'agit de développer un réseau de neurones profond pour prédire les maladies mentales de patients à partir de données transcriptomiques.

 

Objectif :

Nous disposons de données obtenues en analysant le transcriptome [1] des cellules du sang de patients bipolaires, dépressifs ou sains. Nous souhaitons développer un algorithme de classification qui nous permet de reconnaître ces trois classes de patients. Nous disposons de quelques dizaines de patients alors qu’il y a plusieurs milliers de variables transcriptomiques. Notre but est d’utiliser le Deep Learning (ou apprentissage profond) pour analyser ces données.

Le Deep Learning [2] permet d’effectuer des traitements non-linéaires complexes sur les données mais il est a priori peu adapté lorsque le nombre de données est limité. Dans ce stage, il s’agira donc d’identifier les architectures de réseaux les plus prometteuses et de les appliquer aux données disponibles. Le stagiaire pourra s’appuyer sur des travaux méthodologiques récents de notre équipe sur les réseaux de neurones avec un grand nombre de neurones.

 

Contexte :

L’équipe MediaCoding du laboratoire I3S collabore sur ce sujet avec le laboratoire IPMC (Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire) situé à Sophia Antipolis. Le stagiaire pourra donc bénéficier de l’expertise d’un professeur en biologie spécialisé dans le système immunitaire, le cerveau et les nerfs périphériques.

 

Profil recherché :

Formation niveau M2/Ingénieur en mathématiques appliquées et/ou en informatique.

Ces travaux requièrent les compétences suivantes :

- Programmation informatique : les développements informatiques seront réalisés en Python et Pytorch (connaître préalablement Python n’est pas nécessaire mais souhaitable)

- Notions de bases en machine learning (en particulier sur les réseaux de neurones).

 

Lieu du stage : campus SophiaTech (Sophia Antipolis).

 

Encadrant du stage : M. Lionel Fillatre (professeur des universités)

Courriel : lionel.fillatre@i3s.unice.fr

 

Durée : de 4 à 6 mois (démarrage en mars/avril 2023 selon les contraintes du stagiaire).

Rémunération : environ 550 euros par mois.

Procédure pour déposer sa candidature : envoyer son CV, sa lettre de motivation et ses résultats académiques niveau L1, L2, L3, M1 et M2 à lionel.fillatre@i3s.unice.fr

 

Bibliographie :

[1] https://fr.wikipedia.org/wiki/Transcriptome

[2] http://www.deeplearningbook.org/