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Optimisation des illuminations en microscopie de fluorescence à éclairement structuré
26 Juin 2023
Catégorie : Post-doctorant
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 5 septembre 2023
Rémunération : entre 2900 et 4500 brut par mois
Contact: Anne Sentenac, Institut Fresnel (anne.sentenac@fresnel.fr), Jérôme Idier, LS2N (jerome.idier@ls2n.fr)
Candidature via https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR7249-ANNSEN-003/Default.aspx
Le sujet porte sur l'amélioration de la résolution d'un microscope de fluorescence à éclairement structuré. Il s'agira d'optimiser les illuminations et la technique de reconstruction pour obtenir des images super-résolues avec comme contraintes: 1) la robustesse aux perturbations des illuminations (induites par l'échantillon ou une dérive expérimentale) et 2) l'utilisation d'un nombre limité d'illuminations pour augmenter la résolution temporelle.
La technique de reconstruction envisagée s'appuie sur nos travaux préalable en Random Illumination Microscopie. Elle est basée sur l'étude des moments empiriques des images (de type variance) et sur l'utilisation exclusive des moments empiriques des illuminations.
Activités
Le travail sera théorique et numérique. Il s'agira d'optimiser des séquences d'illuminations en utilisant leur propriétés statistiques empiriques et asymptotiques. Puis il s'agira de développer un algorithme de reconstruction d'image super-résolue optimal, prenant en compte plusieurs moments des images. Enfin, il s'agira d'accélerer au mieux le fonctionnement de cet algorithme afin de viser des reconstructions en temps réel. La personne recrutée devra tester son travail sur des données synthétiques et réelles.
Compétences
On attend de la personne recrutée des compétences en programmation et en théorie de traitement du signal (en particulier en statistique et en technique d'optimisation). De plus, il serait très appréciable que la personne recrutée ait déjà travaillé sur des systèmes d'imagerie computationnelle.
Contexte de travail
Ce projet est financé par l'ANR et vise à développer un prototype de microscope de fluorescence super-résolu simplifié et très robuste aux aberrations (ANR lightRIM). La personne recrutée travaillera sur le software du microscope. Le travail sera fait à l'institut Fresnel au sein de l'équipe SEMO spécialiste de la microscopie de fluorescence et de diffraction, en collaboration avec le LS2N (J. Idier, Nantes) et avec le CBI (Thomas Mangeat, Toulouse).
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, un recrutement autorisé par l'autorité compétente du MESR.