Réunion
Traitement du signal et des images pour la biologie
Thèmes scientifiques :
- A - Méthodes et modèles en traitement de signal
- B - Image et Vision
Nous vous rappelons que, afin de garantir l'accès de tous les inscrits aux salles de réunion, l'inscription aux réunions est gratuite mais obligatoire.
Inscriptions
41 personnes membres du GdR ISIS, et 16 personnes non membres du GdR, sont inscrits à cette réunion.
Capacité de la salle : 70 personnes.
Annonce
La réunion aura lieu le 8 juin 2016, à l'université Paris Descartes (Paris 5).
Lieu : Université Paris Descartes, 45 rue des Saints-Pères, Paris. Département Math&Info, Salle Turing - 7eme étage - Ascenseur 2 ou 3.
Accès par métro : Saint-Germain des Prés Ligne 4 ou Mabillon Ligne 10 ou Rue du Bac Ligne 12
(Cette journée est celle prévue initialement le 9 mars et qui a été reportée).
Description de la journée :
En biologie, et plus généralement dans les sciences du vivant, beaucoup de données sont prises sous forme d'images ou de signaux d'une très grande richesse, pour l'analyse desquels il est de plus en plus nécessaire d'employer des techniques avancées de de traitement du signal et des images.
Par exemple, les décompositions tensorielles sont employées pour de la spectroscopie de flurorescence ou pour améliorer les études en chromatographie, le suivi de particules ou de cellules dans des images biologiques fait largement appel à des méthodes de signal telles qu'on les verrait en radar ou sonar, la spectroscopie et l'imagerie par IRM ont été des motivations mises en avant de développements de certaines méthodes de régularisation de signaux ou d'images (par exemple sous hypothèse de parcimonie), des analyses de la chromatine ou du génome font aussi appel à des techniques évoluées de traitement de signal ou des images.
Plus globalement, toutes les formes d'imagerie en biologie bénéficient des apports de techniques de traitement d'image pour améliorer leur résolution, leur contraste, leur qualité générale...
L'objectif de la journée est de faire un état des avancées récentes des méthodes et techniques de traitement du signal et des images qui sont employées et développées pour l'étude de données en biologie.
Lors de cette journée, nous accueillerons deux présentations invitées pour des exposés tutoriaux :
- Rasmus Bro (Professeur en chémometrique, Université de Copenhague) sur : "Tensors in Biology"
- Jean-Christophe Olivo-Marin (Institut Pasteur, Unité d'Analyse d'Images Biologiques) sur le "Quantitative biological imaging: from cellular dynamics to animal behaviour". Notez que J.C. Olivi-Marin est Distinguished Lecturer IEEE de la société SPS et est donc aussi invité dans ce cadre par le chapitre IEEE SPS France.
Cette journée est organisée conjointement avec le GDR MIV : Microscopie et Imagerie du Vivant et accessible aux conditions usuelles aux membres des deux GDR.
Le programme prévisionnel de la jounée est disponible en ligne. Elle débutera à 9h30 et devrait se terminer à 16h40.
Organisateurs :
- David Brie (CRAN, Université de Lorraine, CNRS) -- david.brie@univ-lorraine.fr (GDR ISIS)
- Nicolas Lomenie (LIPADE, University Paris Descarte) -- Nicolas.Lomenie@mi.parisdescartes.fr (GDR MIV)
- Pierre Borgnat (Laboratoire de Physique, Ens de Lyon, CNRS) -- Pierre.Borgnat@ens-lyon.fr (GDR ISIS, thème A)
Programme
- 9h30 ACCUEIL
- 9h40 - 10h40 Plenary talk : Tensors in biology, Rasmus Bro, Department of food science, University of Copenhagen, DK,
R. Bro is performing research on most aspects of chemometrics and in particular on multi-way analysis both from a theoretical and a practical point of view. He is heading an industrial research consortium, ODIN, focusing on Process Analytical Technology (PAT) as well as a new master of science in the same area. He is an editor on Journal of Chemometrics and the author of a number of matlab toolboxes that are made available at www.models.life.ku.dk
- 10h40 - 11h00 IMAGERIE EN RÉSONNANCE PARAMAGNÉTIQUE ELECTRONIQUE. Maud Kerebel, Yves Frapart, Sylvain Durand (Réseau Imageries du Vivant, Université Paris Descartes)
- 11h00 - 11h20 THE MANY FACES OF COMPRESSION IN MULTILINEAR ALGEBRA. Jeremy E. Cohen, Rodrigo Cabral Farias, Pierre Comon (GIPSA_LAB, CNRS, Grenoble)
- 11h20 - 11h40 Pause
- 11h40 - 12h00 Two applications of multilinear algebra in biology. Sebastian Miron, Stéphanie Grandemange, Christian Mustin, David Brie (CRAN, Université de Lorraine, CNRS, Vandoeuvre-les Nancy, LIEC, Université de Lorraine, CNRS, Vandoeuvre-les Nancy)
- 12h00 - 12h20 PIECEWISE CURVE COMPUTATION FOR POLYMER CHAIN REPTATION ANALYSIS. Somia Rahmoun, Fabrice Mairesse, Tadeusz Sliwa (Le2i - UMR CNRS 6306, Université de Bourgogne, Route des Plaines de l'Yonne, BP 16, 89010 Auxerre, France)
- 12h10 - 14h00 Déjeuner (libre)
- 14h00 - 15h00 Plenary talk: Quantitative biological imaging: form cellular dynamics to animal behaviour, Jean-Christophe Olivo Marin.
Jean-Christophe Olivo Marin is the head of the Quantitative Image Analysis Unit at the Institut Pasteur. He was a co-founder and Chief Technology Officer of the Institut Pasteur Korea, Seoul. He has a long experience of multi-disciplinary approaches in biological imaging, and his research interests are in image analysis of multidimensional microscopy images, pattern recognition and motion analysis for cellular dynamics studies. He is a member of the Bio Imaging and Signal Processing Technical Committee (BISP-TC) of the IEEE Signal Processing Society. In 2016, he was nominated as a Distinguished Lecturer by the IEEE Signal Processing Society.
- 15h00 - 15h20 PROMOTING BLINDNESS IN STRUCTURED ILLUMINATION MICROSCOPY. S. Labouesse 1, M. Allain 1, J. Idier 2, S. Bourguignon 2, P. Liu 2, A. Sentenac 1 (1 Aix-Marseille Université, CNRS, Centrale Marseille, Institut Fresnel (France), 2 Ecole Centrale de Nantes, CNRS, IRCCyN (France))
- 15h20 - 15h40 QUANTIFICATION OF TUMOR CELLULARITY FROM NON-INVASIVE DIFFUSION-WEiGHTED MRI. Yi Yin (INRIA & Sorbonne Universités, UPMC Paris 6, CNRS, Laboratoire Jacques-Louis Lions, Paris)
- 15h40 - 16h00 THREE-DIMENSIONAL IMAGE ANALYSIS OF HIGH RESOLUTION CONFOCAL MICROSCOPY DATA OF THE DROSOPHILA MELANOGASTER BRAIN. Chloé MURTIN (1), Carole FRINDEL (2), David ROUSSEAU (2, orateur), Ito KEI (1) (1: Department Of Computational Biology And Medical Sciences, Graduate School Of Frontier Sciences, The University Of Tokyo, 2: CREATIS, CNRS 5220 INSERM U1206 Université Lyon1 INSA de Lyon)
- 16h00 - 16h20 COUNTING-BASED PARTICLE FLUX ESTIMATION FOR TRAFFIC ANALYSIS IN LIVE CELL IMAGING. Thierry Pécot 1, Charles Kervrann 1, Jean Salamero 2,3 and Jérôme Boulanger 2 (1 INRIA, Centre Rennes - Bretagne Atlantique, F-35042 Rennes, 2 Team Space Time Imaging of Endomembranes and Organelles Dynamics; UMR 144 CNRS - Institut Curie, F-75248 Paris, 3 Cell and Tissue Imaging Facility - IbiSA, Intitut Curie, F-75248 Paris)
- 16h20 - 16h40 FORCE VOLUME IMAGING FOR THE CHARACTERIZATION OF THE MECHANICAL PROPERTIES OF CANCEROUS CELLS. Claire Barbieux 1, (oratrice), Stéphanie Grandemange 1, Charles Soussen 1, Gregory Francius 2, David Brie 1 (1 CRAN, Université de Lorraine, CNRS, Vandoeuvre-les Nancy, 2 LCPME, Université de Lorraine, CNRS, Villers-lès-Nancy)